Pri použití peptidov sa často stretávame s ukazovateľmi čistoty a obsahu peptidov. Mnoho ľudí sa môže čudovať, prečo je ich čistota peptidov 95 %, ale obsah peptidov je len 80 %. Ide totiž o dva úplne odlišné pojmy.
Čistota peptidu: Čistota peptidu sa týka množstva cieľového peptidu detegovaného pri 214 nm (214 nm je absorpčná vlnová dĺžka peptidového reťazca) pomocou HPLC analýzy.
Obsah peptidov: Ide o percentuálny podiel peptidov vo vzťahu k ne-peptidovým látkam vo vzorke.
Čistota peptidu sa týka obsahu cieľového peptidu detegovaného pomocou HPLC pri 214 nm (214 nm je absorpčná vlnová dĺžka peptidového reťazca). Okrem cieľového peptidu môže HPLC detegovať nečistoty vrátane: deletovaných sekvencií (cieľovým sekvenciám chýba jeden alebo viac aminokyselinových zvyškov), skrátených sekvencií (sekvencií generovaných počas ochrany) a neúplne zbavených sekvencií (čo má za následok proces syntézy alebo konečný proces štiepenia). HPLC však nedokáže detegovať vodu a zvyškové soli, ako je trifluóracetát (TFA) a acetát. Počas syntézy peptidu sa peptidová sekvencia odštiepi zo živice pomocou TFA a malé množstvo TFA sa vytvorí aj počas čistenia. Voľný amino-koniec a ďalšie vedľajšie reťazce peptidu, ako je Arg, Lys a His, teda môžu vytvárať malé množstvá nečistôt TFA. Ďalším problémom je vlhkosť. Peptidy sú zvyčajne dehydratované použitím lyofilizácie, ale aj tak bude voda existovať v rôznej miere v závislosti od kovalentnej väzbovej kapacity. Preto dodávané peptidy typicky obsahujú TFA soli a stopové množstvá vody, ktoré sú nedetegovateľné pomocou HPLC, čo vedie k rozdielom v obsahu a čistote peptidov.
